《不一样的美男子第二季》延续奇幻风格，故事围绕着拥有超能力的少年展开。安逸飞因意外获得超能力，却因此陷入危险。他结识了同样有超能力的高远树、童雨晨等人。他们一边要隐藏超能力不被外界发现，一边又要应对神秘组织的追捕。神秘组织妄图利用他们的超能力达成不可告人的目的。在一次次与神秘组织的交锋中，少年们逐渐成长，彼此之间的友情也愈发深厚。他们凭借各自的超能力，一次次化险为夷。最终，少年们团结一心，成功挫败神秘组织的阴谋，守护住了自己的生活和身边的人。