《绝代双骄动画版》围绕小鱼儿与花无缺这对孪生兄弟展开。小鱼儿自小在恶人谷长大，受谷中众多恶人的熏陶，古灵精怪、鬼点子极多。花无缺则在移花宫长大，被邀月宫主培养成风度翩翩却又身负使命的少年。邀月因当年的情感纠葛，设计让小鱼儿和花无缺互相残杀。小鱼儿离开恶人谷闯荡江湖，一路上结识了铁心兰等好友，也遭遇了各种奇人异事和阴谋诡计。花无缺奉邀月之命下山，与小鱼儿在江湖中逐渐产生交集。两人在不知情的情况下，多次陷入危机和争斗。随着故事发展，他们逐渐揭开身世之谜，也明白了邀月的险恶用心，最终摒弃误会，携手对抗邀月，共同书写江湖传奇。