《我太受欢迎了该怎么办》围绕着女高中生大垣菜穗子展开。菜穗子原本是个沉迷二次元的胖女孩，因喜欢的动漫角色死亡而过度伤心，一周没吃饭竟意外瘦了下来，摇身一变成为美少女。这一转变让她瞬间成为校园焦点，被四个性格各异的男生同时喜欢，他们分别是傲娇的六见游马、温柔的芹沼花依、开朗的四条贵音和神秘的七岛希。菜穗子面对突如其来的多份感情不知所措，在与他们的相处中状况百出。她既要应对校园里的各种恋爱风波，又要坚守自己内心对二次元的热爱，在友情与爱情的交织中不断成长，上演了一系列搞笑又温馨的故事。